A presença humana na Freguesia de Santa Bárbara de Nexe remonta à transição do Paleolítico Médio para o Paleolítico Superior (há cerca de 30.000 anos) e aos povos da pré-história pré-romana da Península Ibérica, nomeadamente os Cinetes ou Cónios. Foi posteriormente influenciada pelos Fenícios, incorporada pelos Romanos, parte do Reino Visigótico da Hispânia, e conquistada pelos mouros e incorporada no Algarb Alandalus "Al-Garbh al-Andalus".

A freguesia viria a ser incorporada no Reino de Portugal durante o período final da Reconquista Portuguesa contra os mouros, em 1271, pelo Rei D. Afonso III. A mais antiga referência escrita sobre esta Freguesia, ao lugar de “Neixe”, parece ser de 1291 numa delimitação dos Termos (Concelhos) de Faro e Loulé. Refira-se ainda que a construção da Igreja Matriz começou no XIV, no lugar de uma antiga ermida já existente, onde se dizia que “aconteciam milagres” e que era local de romagens regionais.
Santa Bárbara de Nexe passou a Freguesia no século XVI.

O habitante mais antigo conhecido da Freguesia foi o cidadão romano Sexto Numísio Eros (do século II), referido numa lápide funerária local.